L'ouverture des 48 kilomètres de l'A 16 est reportée en raison des difficultés prévisibles dans le percement du tunnel de Choindex.

Les études géologiques effectuées sur le tracé du futur tunnel qui sera foré au sud de Delémont ont démontré que le forage de la roche constituée de molasse alsacienne et techtonique qui fragilise le sous-sol vont obliger les responsable du chantier de la Transjuranne à repousser l'ouverture de ce tronçon au moins jusqu'en 2016, comme le prévoyait le précédent planning des travaux. Les récents forages de reconnaissance ont en effet démontré que le terrain s'est sensiblement affaissé.